لقد أضحت نتائج دراسات وبحوث الإشارات العلمية للآيات القرآنية ضرورة في الدعوة الإسلامية، وخصوصا في المجتمعات غير المسلمة، المجتمعات المتقدمة علميا وتكنولوجيا، وبالرغم من ذلك فلا يزال البعض يعارض هذا المنحى، سواء عن جهل به أم عن خوف من تحديث أساليب الدعوة. والبحث الحالي استهدف حصر كلام هؤلاء في حُجج محددة... أما المنكرون لهذا الاتجاه في بحث الإشارات العلمية للآيات القرآنية فأبرزهم: أبو إسحاق الشاطبي، محمد الذهبي، محمد رشيد رضا، محمد المراغي، عبدالكريم الخطيب، أمين الخولي وعائشة عبدالرحمن... وتنحصر حجج هؤلاء في ثلاث، هى: (1) القرآن نزل لفهمه العرب في الصدر الأول من الإسلام، وإن علينا معاشر المسلمين أن نحذو حذوهم فيما فهموه من آياته بحسب مدلولات ألفاظه المفهومة... (2) القرآن لا شأن له بالعلوم الطبيعية، فهو لم ينزل ليحدث الناس عن نظريات العلوم، وأنواع المعارف، وإنما هو كتاب أنزل للناس للإرشاد والهداية وبيان التكاليف وأحكام الآخرة... (3) "التفسير العلمي" للقرآن يعرّض القرآن للدوران مع وسائل العلوم في كل زمان ومكان. والكشوف العلمية والبحوث الكونية ما هى إلا فروض ونظريات، يعتقد رجال العلوم لفترة من الزمان في صحتها ثم لا يلبثون بأنفسم أن يبطلوها، ومن ثم فلا يجوز للمسلم الغيور على قدسية القرآن أن يقحم آياته في أشياء ومعارف تتغير وتتبدل... وقد ناقش البحث الحالي هذه الآراء ودحض هذه الحُجج بأسلوب علمي دقيق، وأكد أهمية دراسة الآيات القرآنية ذات الإشارات العلمية.
يتم توظيف دراسات وبحوث الإشارات العلمية في الأحاديث النبوية في خدمة السُنة والدفاع عنها ضد المشككين فيها. كما تستهدف هذه البحوث والدراسات الأمة الإسلامية، فتدفعها نحو النهوض والارتفاع بها كي تتبوّأ مكانتها التي أرادها الله لها... إن الكثير من الكتّـاب والمؤلفين والمحاضرين لا يلتزمون منهجا واضحا في تناول الإشارات العلمية (أو ما يسمى الإعجاز العلمي) الواردة بالأحاديث النبوية، بل يعتمدون على حماسهم فقط لخدمة السُنة النبوية، وهو ما جعل عددا كبيرا منهم يسقط في أخطاء عديدة، شجّعت الحاقدين على الإسلام، فراحوا يحاولون النيل من السُنة الشريفة... ومن هنا وجب علينا وضع منهج ذي ضوابط ب ينبغي التزامه وهو موضوع البحث الحالي مشاركة منا في خدمة سُنة النبي ، ويتضمن المنهج الحالي الضوابط أو القواعد التالية: القواعد اللغوية والضوابط البيانية (ومراعــاة تعدد مدلولات اللفظ)- توثيـق النصـوص- التثبُّت من المعطيات العلمية الحديثة- مراعاة التخصص العلمي الدقيق- الوحدة الكلية والإطار العام للحديث النبوي- دور القرآن في دراسة الأحاديث النبوية- خطـــورة ردّ الأحاديث الصحيحة- خطورة ردّ أحاديث الآحـاد- الموقف من الأحاديث الضعيفة- الشــرح الموضوعي للسُنة النبوية- تخصيص العُمــوم- معرفة أسـباب الورود- الثابت والمتغيّر في الأحاديث النبوية- الجمـع والتوفــيق بين النصوص الصحيحة المتعارضة- الترجيـح فيما بين النصوص الصحيحة المتعارضة- الناسـخ والمنسـوخ- عـدم ولوج الأمور الغيبية المطلقة- ضوابط أخرى.